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南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。医学院现任院长为国际著名肾脏病专家，我国杰出临床医学科学家，南京军区南京总医院副院长、中国工程院院士刘志红教授。
本院现设临床医学（八年制）、基础医学（七年制）、口腔医学（七年制）三个专业，拥有临床医学和基础医学两个一级学科博士点及口腔医学一个一级学科硕士点，有生理学、内科学、外科学3个二级学科博士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科 。南大医学院是中国内地高校中唯一只设医学硕士和博士专业、而不设本科专业的医学院。医学院现有南京大学医学院附属鼓楼医院、南京大学医学院附属金陵医院（南京军区总院）、南京大学医学院附属口腔医院等3所附属三级甲等医院。
本院办学方针是小规模、研究型、国际化，目标是培养未来医学领军人才，办学理念和人才培养独具特色。2012年入选教育部“卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划”，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
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