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在1995年初由国务院学位委员会办公室和国家教育委员会对全国33所研究生院综合评估中，南京大学名列第三，被批准正式成立南京大学研究生院。随着南京大学首批进入“211工程”建设以及国家重点建设的高水平大学的行列，南京大学研究生教育进入了一个崭新的发展时期。到2005年6月底，已授博士学位2890名、硕士学位14362名。在校研究生9324名，其中博士生2976名，硕士生6348名。2003年12月由教育部批准设立的南京大学苏州研究生院正式启动。
目前全校共有40个博士学位授权的一级学科、专业博士学位授权点1个，专业硕士学位授权点21个。现有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，国家重点（培育）学科6个，江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科19个，江苏省一级学科重点学科18个，国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室8个，江苏省重点实验室8个，国家工程技术研究中心1个，省部级工程中心14个，国家基础学科人才培养基地13个，国家生命科学与技术人才培养基地1个，教育部人文社会科学重点研究基地4个，近百个跨学科研究中心，这些学科和科研平台为南京大学研究生教育提供了坚实基础。
南京大学拥有一批在国内外具有重要学术影响的学者，共有博士生导师727名，其中中国科学院院士28名、中国工程院院士3名、第三世界科学院院士4名、俄罗斯科学院院士1名、加拿大皇家科学学院院士1人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授89名、国家杰出青年基金获得者86人、973计划和重大科学研究计划项目首席科学家31名、国务院学科评议组成员19名、国家级教学名师10名。他们以严谨的治学态度、活跃的学术思想把南京大学的研究生引向科学研究的前沿。
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