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1963年南京大学地理系建立“海岸研究组”，应当时国家海港建设的需要，进行了一系列基础与生产应用研究。1983年发展为南京大学地理系“海洋地貌与沉积研究室”， 80年代后期，获得加拿大国际发展研究中心（IDRC）资助，购置浅水区野外调查设备，建成初具规模的海岸实验室。1990年由国家计委、科委（现在的科技部）、教委（现在的教育部）批准，正式命名建立“南京大学海岸与海岛开发国家试点实验室”，2000年命名为“南京大学海岸与海岛开发教育部重点实验室”。
为了适应学科的发展，结合国家需求，2006年5月，建立了“海岸海洋科学系”。海岸海洋科学是研究海陆过渡带地球表层系统作用过程、环境特性与自然发展规律以及人类生存活动与之和谐的科学，具有自然、人文社会与技术科学相互交叉渗透的特点。
当前主要从事海岸带、岛屿和大陆架浅海资源、环境与生态系统的调查研究，探索全球变化背景下海岸海洋演变规律，进行海岸带与近海规划与决策分析、以及开发利用与防灾、减灾研究。在基础理论方面，研究季风、潮流作用、强烈人类活动条件下的海岸沉积动力学、海岸海洋地貌演化及其全球变化效应；研究具有我国地域特色的河海交互作用过程，并突出有潮海动力作用与人类开发活动历史悠久的特点。其中在淤泥质海岸、潮汐汊道港湾、陆架潮流沙脊群研究方面做出具有原始创新的成果。在应用基础与产业化方面，重点进行海岸环境资源管理技术、海岛资源合理开发与灾害防治、以及海洋权益研究，特别注意发展GIS技术在海岸海洋一体化管理、工程可行性研究、以及环境影响评估中的应用。
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